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陈思学

发布时间:2015年06月05日  点击:[]

姓名:陈思学 性别:男 国籍:中国 出生年月:1968年9月

最后学历:博士后 学位:博士

现任职单位:黑龙江大学 生命科学学院

美国佛罗里达大学 生物技术研究中心蛋白质组学中心实验室

现任专业技术职务:副教授,硕士和博士研究生导师

从事专业:植物生物化学,蛋白质组学

主要学术兼职:美国自然科学基金委员会项目审稿专家和专家组成员

Israel 自然科学基金委员会项目审稿专家

Frontiers in Biology 杂志编委会成员(ISSN 1673-3509; eISSN1673-3622)

 

专业学会会员:

 

美国植物生物学学会,蛋白质组学学会,质谱学会,中西部质谱学会,生物信息资源学会,国际科学咨询专家委员会。

 

个人简历:

 

1987-1991 哈尔滨师范大学生物系,学士

1991-1993 华东师范大学生物系,硕士

1993-1996 上海植物生理研究所和华东师范大学,博士

1996-1998 德国弗赖堡大学生物研究所,洪堡研究员

1998-2001 丹麦皇家农牧大学植物生物化学实验室和丹麦分子植物生理学中心,助理研究教授

2001-2003 美国宾夕法尼亚大学,高级研究员,蛋白质实验室负责人

2003-2005 美国丹弗斯植物科学研究中心,蛋白质组学与质谱分析实验室主任

2005-至今 美国弗罗里达大学植物系,遗传研究所和细胞学学科,副教授

2006-至今 黑龙江大学生命科学学院,“龙江学者”

主要学术贡献:

1998-2001 获得丹麦自然科学基金委员会的项目资助,从事芥子油苷生物合成,转运和降解代谢的前沿研究。确定了合成的关键酶基因CYP79F1 和 CYP79F2 的功能;确定了质膜运输体蛋白的生物化学特性和长距离运输的机制;克隆并功能性表达了芥子油苷降解酶;建立了芥子油苷大规模放射性标记,合成和纯化技术。为芥子油苷的基础生物学研究和应用于抗病虫害,防治癌症等做出了重要贡献。

2001-2005确定了酵母和植物拟南芥菜液泡器蛋白质组分和含量,并发现蛋白质液泡运输系统的特异底物蛋白,其中包括细胞膜运转体。成果发表于《proteomics》、《Journal of Biological Chemistry》等权威刊物上。同时,发现的特异膜运载体可以用于利用植物化学工厂大量合成和积累有用的代谢产物,如叶酸等。除了蛋白质组学的研究, 还为国际生物膜蛋白质生物芯片的研究做出了重要贡献。

2005-2006 建立了一种快速的蛋白质鉴定和分析技术。 该技术极大地提高了蛋白质组学的研究效率。 率先将蛋白质组学技术应用于多种植物和作物 (例如木薯和玉米)的生物学研究,解决生物学领域的重要紧迫问题。研究成果发表于多篇国际上有影响的SCI 刊物上。发现的许多与作物抗逆和品质相关的目的蛋白。应用生物技术对这些蛋白质的人工表达调控可能会解决当前农业生产上的一些实际问题,包括防御病虫害,提高品质和营养价值等。

2006-2007 建立了独立的植物蛋白质组学和生物化学专项实验室,首次将蛋白质组学技术应用于植物芥子油苷次生代谢网络研究。代谢网络和系统生物学的研究是当今生物学的前沿。 这方面的研究成果为优化植物生物技术策略,提高转基因作物的效果有重要的应用前景。

2007-2009应用先进的蛋白质组学和转录组学技术首次研究油菜保卫细胞蛋白质的组成和功能,本研究以封面形式发表在世界权威的蛋白质组学杂志《Molecular and Cellular Proteomics》上。首次发现许多保卫细胞特异蛋白,编码这些蛋白的基因在用于基因工程改良作物,提高产量、抗逆性和生物能源利用方面有重要的应用价值。成功的把蛋白质组学和代谢组学应用在植物激素和芥子油苷次生代谢网络研究方面,最近的研究结果发表在植物学科有影响的国际刊物《The Plant Journal》上,这些结果首次证明了蛋氨酸侧链延长关键酶在脂肪类芥子油苷合成过程中的功能和芥子油苷合成的氧化还原调节,提出了氧化还原调节在植物次生代谢网络中的关键作用,为揭示植物信号和分子网络提供了新的研究方向,这方面的研究对提高蔬菜品质、营养价值和防癌抗癌活性物质的含量的人工调控打下了坚实的基础。

2009-至今,利用先进的定量蛋白质组学和代谢组学的技术,在芥子油苷的代谢网络的相关研究中取得突破,许多新的代谢组分和分子间的相互作用被发现,这些研究发现有助于对芥子油苷相关代谢途径的认识。同时,首次利用系统生物学的技术手段将遗传与环境的因子进行结合,来认识高等生物的复杂的分子代谢网络和途径。这些发现为下一步改良作物的品质、产量、以及提高抗逆性奠定了坚实基础,这些研究于 2009年获得美国自然科学基金五年杰出青年奖研金。

 

参与国家和国际科研项目(近五年):

 

1、甜菜M14品系特异表达基因cystatin的功能研究 国家自然科学基金 29万 2011-2013 2

2、甜菜M14品系花器官特异表达蛋白质的研究 国家自然科学基金 26万 2009-2011 2

3、芥子油苷次生代谢环境调控的蛋白质组学研究 国家自然科学基金委海外合作项目 40万年 2008-2010 1

4、甜菜M14品系花器官特异表达蛋白质的筛选鉴定 国家自然科学基金国际合作项目 1.8万元 2010 2

5、甜菜M14品系花器官特异表达蛋白质数据库的建立及分析 国家自然科学基金国际合作项目 1.2万元 2011 2

6、在美国弗罗里达大学建立高精度的UPLC-QSTAR蛋白质组平台 美国国家卫生研究所 43万美元 2009-2010 1

7、关于保卫细胞信号转导的氧化还原和代谢组学调节机制研究 美国自然科学基金 55万美元 2008-2011 1

8、芥子油苷植物代谢分子网络的研究 美国自然科学基金 68万美元 2008-2011 1

9、芥子油苷次生代谢的蛋白质组学研究 美国弗罗里达大学植物系及遗传研究所启动基金 67万美元 2006-2009 1

10、在弗罗里达大学建立LC-MS 平台进行蛋白质组和代谢组学的科研和教学 美国应用生物系统公司 16万美元 2009-2011 1

11、The agricultural genomics,Education, and Metabolomics 美国农业科学基金 25万美元 2007-2010 1

发表的学术论文(近五年):

1、Chen Y, Yan X, Chen S. Bioinformatic analysis of molecular network of glucosinolate biosynthesis. Computational Biology and Chemistry, 2011, 35(1): 10-18.

2、Han B, Chen S, Dai S, Yang N, Wang T. Isobaric tags for relative and absolute quantification- based comparative proteomics reveals the features of plasma membrane-associated proteomes of pollen grains and pollen tubes from Lilium davidii. Journal of Integrative Plant Biology, 2010, 52 (12): 1043–1058

3、Wang X, Chen S, Zhang H, Shi L, Cao F, Guo L, Xie Y, Wang T, Yan X, Dai S. Desiccation tolerance mechanism in resurrection fern-ally Selaginella tamariscina revealed by physiological and proteomic analysis. J Proteome Res, 2010, 9(12):6561-77.

4、He Y, Chen L, Zhou Y, Mawhinney TP, Chen B, Kang BH, Hauser BA, Chen S. Functional characterization of Arabidopsis thaliana isopropylmalate dehydrogenases reveals their important roles in gametophyte development. New Phytol, 2011, 189 (1):160-175.

5、He Y, Chen B, Pang Q, Strul JM, Chen S. Functional specification of Arabidopsis isopropylmalate isomerases in glucosinolate and leucine biosynthesis. Plant Cell Physiol. 2010, 51(9):1480-7.

6、Pang Q, Chen S, Dai S, Chen Y, Wang Y, Yan X. Comparative proteomics of salt tolerance in Arabidopsis thaliana and Thellungiella halophila. J Proteome Res. 2010, 7;9(5):2584-99.

7、Humbard MA, Miranda HV, Lim JM, Krause DJ, Pritz JR, Zhou G, Chen S, Wells L, Maupin-Furlow JA. Ubiquitin-like small archaeal modifier proteins (SAMPs) in Haloferax volcanii. Nature, 2010, 463(7277):54-60.

8、Zhu M, Simons B, Zhu N, Oppenheimer DG, Chen S. Analysis of abscisic acid responsive proteins in Brassica napus guard cells by multiplexed isobaric tagging. Proteomics, 2010, 73(4):790-805.

9、Li H, Cao H, Wang Y, Pang Q, Ma C, Chen S. Proteomic analysis of sugar beet apomictic monosomic addition line M14. Proteomics, 2009, 73(2):297-308.

10、Zhang X, Chen S, Mou Z. Nuclear localization of NPR1 is required for regulation of salicylate tolerance, isochorismate synthase 1 expression and salicylate accumulation in Arabidopsis. J Plant Physiol, 2010, 167(2):144-8.

11、Paul AL, Liu L, McClung S, Laughner B, Chen S, Ferl RJ. Comparative interactomics: analysis of Arabidopsis 14-3-3 complexes reveals highly conserved 14-3-3 interactions between humans and plants. J Proteome Res, 2009, 8(4):1913-24.

12、He Y, Mawhinney TP, Preuss ML, Schroeder AC, Chen B, Abraham L, Jez JM, Chen S. A redox-active isopropylmalate dehydrogenase functions in the biosynthesis of glucosinolates and leucine in Arabidopsis. Plant J, 2009, 60(4):679-90.

13、Alvarez S, Zhu M, Chen S. Proteomics of Arabidopsis redox proteins in response to methyl jasmonate. J Proteomics, 2009, 73(1):30-40.

14、Low JM, Chauhan AK, Gibson DS, Zhu M, Chen S, Rooney ME, Ombrello MJ, Moore TL. Proteomic analysis of circulating immune complexes in juvenile idiopathic arthritis reveals disease-associated proteins. Proteomics Clin Appl, 2009, 3(7):829-40.

15、Pang Q, Chen S, Li L, Yan X. Characterization of glucosinolate--myrosinase system in developing salt cress Thellungiella halophila. Physiol Plant, 2009, 136(1):1-9.

16、Paul AL, Liu L, Laughner B, McClung S, Chen S, Ferl R. Comparative Interactomics: Analysis of Arabidopsis 14-3-3 complexes reveals highly conserved 14-3-3 interactions between humans and plants. J. Proteome Res, 2009, 8 (4):1913–1924

17、Raichaudhuri A, Peng M, Naponelli V, Chen S, Sánchez-Fernández R, Gu H, Gregory JF 3rd, Hanson AD, Rea PA. Plant Vacuolar ATP-binding Cassette Transporters That Translocate Folates and Antifolates in Vitro and Contribute to Antifolate Tolerance in Vivo. J Biol Chem, 2009, 284(13):8449-60.

18、Zhu M, Dai S, McClung S, Yan X, Chen S. Functional differentiation of Brassica napus guard cells and mesophyll cells revealed by comparative proteomics. Mol Cell Proteomics, 2009, 8(4):752-66.

19、Alvarez S, Wilson GH, Chen S. Determination of in vivo disulfide-bonded proteins in Arabidopsis. Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci, 2009, 877(1-2):101-4.

20、Alvarez S, He Y, Chen S. Comparative investigations of the glucosinolate-myrosinase system in Arabidopsis suspension cells and hypocotyls. Plant Cell Physiol, 2008, 49(3):324-33.

21、Dai S, Wang T, Yan X, Chen S. Proteomics of pollen development and germination. Proteome Res, 2007, 6(12):4556-63

22、Zhu J, Alvarez S, Marsh EL, Lenoble ME, Cho IJ, Sivaguru M, Chen S, Nguyen HT, Wu Y, Schachtman DP, Sharp RE. Cell wall proteome in the maize primary root elongation zone. II. Region-specific changes in water soluble and lightly ionically bound proteins under water deficit. Plant Physiol, 2007, 145(4):1533-48.

23、Yan X, Chen S. Regulation of plant glucosinolate metabolism. Planta, 2007, 226(6):1343-52.

24、Sarry JE, Chen S, Collum RP, Liang S, Peng M, Lang A, Naumann B, Dzierszinski F, Yuan CX, Hippler M, Rea PA. Analysis of the vacuolar luminal proteome of Saccharomyces cerevisiae. FEBS J, 2007, 274(16):4287-305.

25、Chen S, Sánchez-Fernández R, Lyver ER, Dancis A, Rea PA. Functional characterization of AtATM1, AtATM2, and AtATM3, a subfamily of Arabidopsis half-molecule ATP-binding cassette transporters implicated in iron homeostasis. J Biol Chem, 2007, 282(29):21561-71.

26、Chen S, Harmon AC. Advances in plant proteomics. Proteomics, 2006, 6(20):5504-16.

27、Herman EM, Rotter K, Premakumar R, Elwinger G, Bae H, Ehler-King L, Chen S, Livingston DP 3rd. Additional freeze hardiness in wheat acquired by exposure to -3 degreesC is associated with extensive physiological, morphological, and molecular changes. Exp Bot, 2006, 57(14):3601-18.

28、Alvarez S, Goodger JQ, Marsh EL, Chen S, Asirvatham VS, Schachtman DP. Characterization of the maize xylem sap proteome. J Proteome Res, 2006, 5(4):963-72.

29、Sheffield J, Taylor N, Fauquet C, Chen S. The cassava (Manihot esculenta Crantz) root proteome: protein identification and differential expression. Proteomics, 2006, 6(5):1588-98.

30、Zhu J, Chen S, Alvarez S, Asirvatham VS, Schachtman DP, Wu Y, Sharp RE. Cell wall proteome in the maize primary root elongation zone. I. Extraction and identification of water-soluble and lightly ionically bound proteins. Plant Physiol, 2006, 140(1):311-25.

31、Chen S. Rapid protein identification using direct infusion nanoelectrospray ionization mass spectrometry. Proteomics, 2006, 6(1):16-25.

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